聯(lián)想高性能計(jì)算平臺為基因測序加速度，助力浦洛通“精準(zhǔn)醫(yī)療”

2015年，科技部召開了“國家精準(zhǔn)醫(yī)療戰(zhàn)略專家會議”，成立了中國精準(zhǔn)醫(yī)療戰(zhàn)略專家組，共19位專家組成了國家精準(zhǔn)醫(yī)療戰(zhàn)略專家委員會，并計(jì)劃在2030年前投入600億元，標(biāo)志著“精準(zhǔn)醫(yī)療”被上升到國家戰(zhàn)略高度。

如今，“精準(zhǔn)醫(yī)療”已被納入國家“十三五”規(guī)劃，成為中國醫(yī)藥大健康產(chǎn)業(yè)的驅(qū)動引擎，帶動了中國基因測序、生物大數(shù)據(jù)研究等一系列產(chǎn)業(yè)的高速發(fā)展。

成立于2015年的重慶浦洛通生物信息技術(shù)有限公司（下文簡稱“浦洛通”）正是一家致力于“健康中國、精準(zhǔn)醫(yī)療”的科技企業(yè)，專注于新一代基因組學(xué)技術(shù)在生命科學(xué)研究領(lǐng)域的信息分析及產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用，為更多的研究學(xué)者提供全面、個(gè)性化解決方案，用科技服務(wù)大眾。

為提升基因測序任務(wù)的速度，向客戶提供更高效的服務(wù)，并更快的實(shí)現(xiàn)科技成果轉(zhuǎn)化，浦洛通攜手聯(lián)想，建立起高性能計(jì)算平臺以及配備完善的實(shí)驗(yàn)室科研轉(zhuǎn)化平臺，逐步形成了完備的生命科學(xué)IT及科研轉(zhuǎn)化兩大產(chǎn)業(yè)，為今后走向大數(shù)據(jù)時(shí)代奠定了寶貴的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。

浦洛通業(yè)務(wù)核心系統(tǒng)為基因測序平臺，但作為一家初創(chuàng)企業(yè)，浦洛通在前期設(shè)備的投入上相對謹(jǐn)慎。此前，浦洛通采用四路服務(wù)器用于基因測序計(jì)算，同時(shí)還要應(yīng)對公司對外的業(yè)務(wù)工作需求和公司內(nèi)的科研、培訓(xùn)等任務(wù)。隨著業(yè)務(wù)量增長，四路服務(wù)器性能已經(jīng)捉襟見肘。

例如，此前浦洛通對外服務(wù)的一個(gè)基因測序任務(wù)的時(shí)間約1個(gè)月，已經(jīng)難以匹配業(yè)務(wù)需求。浦洛通希望將執(zhí)行一個(gè)基因測序任務(wù)的時(shí)間控制在15天以內(nèi)，目標(biāo)是7天之內(nèi)能夠出結(jié)果。

同時(shí)，浦洛通公司員工以基因、生物一類的專業(yè)人員為主，缺乏專業(yè)的IT運(yùn)維人員；浦洛通辦公地主要依托西南大學(xué)，沒有獨(dú)立機(jī)房，設(shè)備供電、空間、散熱都存在較大限制。

為打破計(jì)算瓶頸，浦洛通急需建立具有良好的可擴(kuò)展性的新計(jì)算平臺，以滿足業(yè)務(wù)對時(shí)間上的嚴(yán)苛要求；為降低部署和管理的復(fù)雜度，浦洛通需要包含計(jì)算、存儲、網(wǎng)絡(luò)等設(shè)備及服務(wù)的一整套解決方案；整套系統(tǒng)建設(shè)還需要考慮空間占用和能耗節(jié)省，以滿足綠色環(huán)保需求。

近日，2018年國際高性能計(jì)算機(jī)大會（ISC）上傳來好消息：聯(lián)想以117套的份額成為首家在該榜單中問鼎全球第一的中國廠商，躍升為全球最大超算平臺提供商。此前，聯(lián)想已連續(xù)四屆榮膺HPC TOP500榜單中國第一、全球第二，在HPC領(lǐng)域有著深厚的積淀。

多年來，聯(lián)想憑借卓越的技術(shù)實(shí)力，受到了眾多企業(yè)關(guān)注。在此次項(xiàng)目中，浦絡(luò)通經(jīng)過深入調(diào)研、論證和測試，決定與聯(lián)想攜手，通過聯(lián)想高性能計(jì)算平臺來支撐基因測序任務(wù)，公司最終實(shí)現(xiàn)了近5倍的性能提升。

聯(lián)想高性能計(jì)算集群采用Lenovo System x3650 M5服務(wù)器承載管理、登陸、存儲IO節(jié)點(diǎn)三個(gè)功能；配置了聯(lián)想集群管理軟件來簡化集群部署和管理；所有計(jì)算節(jié)點(diǎn)之間通過56 Gb IB計(jì)算網(wǎng)絡(luò)連接，所有節(jié)點(diǎn)之間通過Lenovo千兆管理網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行連接。

人工智能的大趨勢下,機(jī)器學(xué)習(xí)也好，IOT也好，都是為了提升效率的手段，更多在于找到高效獲取數(shù)據(jù)的場景。在這樣的大趨勢下，聯(lián)想已經(jīng)意識察覺到了HPC客戶需求的新變化，所以除了提供基于AI的超算軟硬件方案，聯(lián)想還將致力于推動AI+HPC的應(yīng)用落地，LiCO平臺將扮演越來越重要的角色，因?yàn)樗o了用戶更多的選擇性。

得益于采用聯(lián)想LiCO智能管理軟件的高性能計(jì)算集群，浦洛通基因測序平臺實(shí)現(xiàn)了5倍的性能提升，將整個(gè)基因測序時(shí)間由一個(gè)月降低到小時(shí)級別，大大超出了浦洛通業(yè)務(wù)初期的基本需求。隨著業(yè)務(wù)量增加，浦洛通只需在當(dāng)前架構(gòu)下增加額外的計(jì)算資源即可實(shí)現(xiàn)平滑的性能升級，無需進(jìn)行架構(gòu)改動。

聯(lián)想高性能計(jì)算集群提供了自動化部署能力，操作系統(tǒng)、集群管理軟件、集群監(jiān)控軟件、作業(yè)調(diào)度軟件、計(jì)費(fèi)軟件、分布式文件系統(tǒng)軟件、編譯軟件、MPI庫軟件和IB網(wǎng)絡(luò)管理軟件都可實(shí)現(xiàn)快速部署和自動配置，安裝過程中無需手動干預(yù)，大大簡化了集群的部署過程。

同時(shí)，借助圖形界面的集群管理工具，浦洛通能夠在一個(gè)界面實(shí)現(xiàn)集群的集中管理，包括集群管理、任務(wù)調(diào)度、資源計(jì)費(fèi)、作業(yè)提交、用戶管理等等，有效簡化了集群的管理難度，顯著降低了TCO。

此外，聯(lián)想高性能計(jì)算平臺已將整個(gè)架構(gòu)做到了目前HPC系統(tǒng)簡化的極致，在簡化管理的同時(shí)也將偶發(fā)故障的可能性降到了最低，為浦洛通基因測序平臺提供了穩(wěn)定可靠的支撐。

浦洛通作為一家基因檢測和診斷的生物高科技公司，立足于技術(shù)服務(wù)與產(chǎn)品創(chuàng)新，集中力量推動新技術(shù)進(jìn)展，致力于繼續(xù)保持公司在西南地區(qū)的基因檢測技術(shù)領(lǐng)先地位，并向國內(nèi)領(lǐng)先，國際先進(jìn)方向而努力，始終立于同行業(yè)技術(shù)前沿和領(lǐng)先水平。

攜手聯(lián)想，以聯(lián)想高性能計(jì)算平臺為支撐，浦洛通向著“健康中國、精準(zhǔn)醫(yī)療”的產(chǎn)業(yè)升級方向邁進(jìn)了一大步，成為以技術(shù)驅(qū)動“精準(zhǔn)醫(yī)療”的一名踐行者。