阿里巴巴達摩院正在用AI算法抗擊新型冠狀病毒肺炎疫情。2月1日，浙江省疾控中心上線自動化的全基因組檢測分析平臺。利用阿里達摩院研發(fā)的AI算法，可將原來數(shù)小時的疑似病例基因分析縮短至半小時，大幅縮短確診時間，并能精準(zhǔn)檢測出病毒的變異情況。
達摩院算法專家顧斐博士在疾控中心基因檢測分析現(xiàn)場
當(dāng)前，全國新型冠狀病毒肺炎疫情依然嚴(yán)峻，快速、精確診斷對于疫情控制尤其重要。公開信息顯示，該病毒是基因組序列最長的病毒之一，全基因組序列全長29847bp，臨床診斷需要將患者樣本與該病毒基因序列進行比對才能確定診斷結(jié)果。
目前醫(yī)院普遍采用核酸檢測方法，其只能檢測到病毒基因的局部。由于病毒存在變異的可能性，對于整個基因序列來說這種檢測方法猶如盲人摸象，一旦病毒發(fā)生變異，就可能出現(xiàn)漏檢的情況。
新型冠狀病毒結(jié)構(gòu)
不同于傳統(tǒng)核酸檢測方法，全基因組檢測技術(shù)可以對疑似病例的病毒樣本進行全基因組序列分析比對，能夠有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢。此次阿里巴巴達摩院與杰毅生物技術(shù)公司聯(lián)合研發(fā)的平臺采用的就是全基因組檢測方法，其突破之處在于大幅縮短了檢測時間。
在基因分析階段，阿里巴巴達摩院和阿里云彈性計算團隊提供的系統(tǒng)還能提供病毒快速拼接能力，將快速精準(zhǔn)捕捉變異后的病毒序列，二級結(jié)構(gòu)及三維結(jié)構(gòu)，為病毒疫苗和藥物提供了基礎(chǔ)。
設(shè)置基因檢測分析參數(shù)
診斷效率的提升得益于算法的創(chuàng)新。達摩院團隊針對新型冠狀病毒基因進行特征分析，并推出多個算法模型。在序列比對過程中，達摩院對算法增加了分布式設(shè)計，提升了比對效率;在病毒序列拼接階段使用分布式設(shè)計的de Bruijn圖算法，變異病毒也能精準(zhǔn)檢測。
浙江省疾控中心基因測序負責(zé)人孫逸博士表示：“該平臺基于阿里云的強大算力與達摩院新算法可以為病毒的解析提供支撐，基于該平臺，未來還可以在短時間內(nèi)將檢測范圍覆蓋整個確診病例，也為后續(xù)疫苗與藥物研發(fā)打下了堅實基礎(chǔ)。”
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