Force10萬(wàn)兆以太網(wǎng)交換機(jī)助力華大基因快速成功完成復(fù)雜基因組測(cè)序計(jì)算

2007年10月全球首張黃種人全基因序列圖譜“炎黃一號(hào)”順利繪制完成，測(cè)序數(shù)據(jù)總量達(dá)到1177億堿基對(duì)，基因組平均測(cè)序深度達(dá)到36倍，有效覆蓋率高達(dá)99.97%，變異檢測(cè)精度達(dá)99.9%以上。2008年10月，大熊貓“晶晶”基因組序列圖譜成功測(cè)序，該基因組由24億DNA堿基對(duì)組成，約含2.1萬(wàn)個(gè)蛋白編碼基因。2008年11月6日，首個(gè)亞洲人基因序列的研究成果發(fā)布，宣布炎黃計(jì)劃參照基因測(cè)序的完成。這是繼DNA之父JamesWatson和 測(cè)序先驅(qū)J. Craig Venter之后所進(jìn)行的第三例人類(lèi)個(gè)人基因測(cè)序。
在過(guò)去的三年中，致力于公益性研究的深圳華大基因研究院，在深圳市政府、鹽田區(qū)政府及企業(yè)的共同支持下，以“探索基因組科學(xué)的新型發(fā)展道路，引跑亞洲基因組科學(xué)發(fā)展”為使命，成功完成了多個(gè)基因科學(xué)重大項(xiàng)目的實(shí)施和研究，促進(jìn)了醫(yī)學(xué)健康產(chǎn)業(yè)和現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)的快速發(fā)展。
深圳華大基因研究院由中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所及北京、杭州華大基因研究中心為主體共同組成，在基因科學(xué)研究的道路上，除上述重要成果之外，還于2009年4月啟動(dòng)“世界三極動(dòng)物基因組計(jì)劃”，2009年8月啟動(dòng)“萬(wàn)種微生物基因組計(jì)劃”，2009年12月與國(guó)家農(nóng)業(yè)部和深圳市人民政府共建“基因組學(xué)農(nóng)業(yè)部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”……這些研究工作所取得的技術(shù)成就，不僅為中國(guó)和世界基因組科學(xué)的發(fā)展做出了突出貢獻(xiàn)，同時(shí)也奠定了中國(guó)基因組科學(xué)在國(guó)際上的領(lǐng)先地位。
基因序列測(cè)定工作精確而繁復(fù)

眾所周知，基因序列測(cè)定需要進(jìn)行大量的計(jì)算和對(duì)比工作，盡管核酸序列測(cè)定方法越來(lái)越成熟、簡(jiǎn)便并且可以通過(guò)自動(dòng)化設(shè)備完成，但事實(shí)上，對(duì)于一個(gè)片段較長(zhǎng)、序列未知的待測(cè)核酸而言，仍然是一件耗時(shí)且繁瑣的工作。對(duì)于一個(gè)待測(cè)DNA分子，要制定一個(gè)能夠簡(jiǎn)捷準(zhǔn)確的測(cè)定方案，需要實(shí)時(shí)傳輸?shù)臄?shù)據(jù)量非常大，要求服務(wù)器、存儲(chǔ)和網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)具備高性能、低延時(shí)、高穩(wěn)定性的特點(diǎn)。并且，要求交換機(jī)端口密度較高，可同時(shí)連接多個(gè)服務(wù)器。為此，華大基因選擇了Force10公司的S2410、S50、C300、以及C150交換機(jī)組建了高性能的計(jì)算網(wǎng)絡(luò)環(huán)境，并首先在深圳研究所投入運(yùn)行。
可靠的高性能端到端網(wǎng)絡(luò)解決方案

基于此種需求，F(xiàn)orce10為華大基因提供了S系列以及C系列的四款產(chǎn)品。旨在為中等規(guī)模數(shù)據(jù)中心和企業(yè)局域網(wǎng)提供具有更高可靠性的Force10的C系列產(chǎn)品，其模塊化Force10操作系統(tǒng)（FTOS）軟件則提供了內(nèi)在的穩(wěn)定性，避免了計(jì)劃外的網(wǎng)絡(luò)停機(jī)，并通過(guò)冗余部件和熱插拔技術(shù)提供全面的硬件彈性，從而最大程度地保證了網(wǎng)絡(luò)的正常運(yùn)行時(shí)間。
為了給華大基因IT管理人員提供更有效的網(wǎng)絡(luò)控制能力，F(xiàn)orce10C300還提供了一整套提高可管理性、服務(wù)能力以及可視性的工具和功能，而模塊化的FTOS包括了業(yè)界標(biāo)準(zhǔn)的命令行界面（CLI），使管理人員簡(jiǎn)化管理并可充分利用其已擁有的網(wǎng)絡(luò)知識(shí)進(jìn)行操作。C150還可充分運(yùn)行FTOS，為 IT 與數(shù)據(jù)中心管理人員提供實(shí)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)運(yùn)行時(shí)間最大化所需的工具。
而S系列產(chǎn)品由小尺寸Gigabit 和10 Gigabit以太網(wǎng)交換機(jī)組成，專(zhuān)為企業(yè)和服務(wù)供應(yīng)商設(shè)計(jì)，以滿(mǎn)足這些客戶(hù)的特殊要求。其高彈性、高密度的性能特征，為數(shù)據(jù)中心、儲(chǔ)存或計(jì)算設(shè)施配備線(xiàn)速率GbE和10 GbE機(jī)架交換機(jī)，滿(mǎn)足 VoIP 和無(wú)線(xiàn)連接的核心彈性和高可用性要求的 PoE配線(xiàn)柜。該系列產(chǎn)品為華大基因的序列測(cè)定計(jì)算提供擴(kuò)展、高性能端到端網(wǎng)絡(luò)解決方案。其中，S2410同時(shí)擁有24 端口固定配置，1 RU數(shù)據(jù)中心交換機(jī) 超低萬(wàn)兆交換時(shí)延 ，其吞吐時(shí)延僅為 300 納秒。毋庸置疑，
Force10 S系列以及C系列的四款產(chǎn)品的高性能、低功耗、以及出色的穩(wěn)定性，為基因測(cè)序的計(jì)算工作提供了有力的技術(shù)保障。
完善的技術(shù)服務(wù) 堅(jiān)實(shí)的設(shè)備后盾

“在眾多的競(jìng)爭(zhēng)品牌中，我們選擇了Force10，經(jīng)過(guò)實(shí)踐應(yīng)用，我們對(duì)Force10的技術(shù)和服務(wù)表示肯定和滿(mǎn)意?！鄙钲谌A大基因研究院計(jì)算平臺(tái)負(fù)責(zé)人方林說(shuō)，“其產(chǎn)品在高性能、低延時(shí)、高穩(wěn)定性等方面的出色表現(xiàn)，確實(shí)為基因序列測(cè)定中的計(jì)算與比對(duì)工作提供了有力的保障，可以說(shuō)，在這之后的許多大型基因測(cè)序項(xiàng)目能夠得以順利進(jìn)行，與Force10設(shè)備的高速運(yùn)行以及較高穩(wěn)的定性密不可分?！?BR>目前，F(xiàn)orce10的幾款S系列以及C系列產(chǎn)品，已經(jīng)獲得客戶(hù)認(rèn)可，并因此而被擴(kuò)展應(yīng)用到北京和香港的研究所中，為華大基因研究所的復(fù)雜而嚴(yán)密的基因測(cè)序工作帶來(lái)了可擴(kuò)展的、可靠的、無(wú)擁堵、低功耗的性能支持。而華大基因也正在利用其所需技術(shù)，依靠完善的設(shè)備力量，雄厚的科研背景和優(yōu)秀的人才隊(duì)伍，為廣大生物學(xué)相關(guān)領(lǐng)域科研工作者和研發(fā)機(jī)構(gòu)提供基因與蛋白質(zhì)相關(guān)研究的優(yōu)秀解決方案，在不斷深化科研水平和能力的前提下加快技術(shù)向市場(chǎng)轉(zhuǎn)化的步伐，力爭(zhēng)最大限度地將先進(jìn)的科研技術(shù)和成果服務(wù)于社會(huì)。 本文來(lái)源于與非網(wǎng) http://www.eefocus.com
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