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[導(dǎo)讀]PCR儀已經(jīng)成為分子生物學(xué)、醫(yī)學(xué)、食品工業(yè)、司法科學(xué)、生物技術(shù)、環(huán)境科學(xué)、微生物學(xué)、臨床診斷、流行病學(xué)、遺傳學(xué)、基因芯片、基因檢測(cè)、基因克隆、基因表達(dá)等領(lǐng)域廣泛應(yīng)用的一種儀器。PCR儀在操作中常會(huì)遇到哪些問(wèn)

PCR儀已經(jīng)成為分子生物學(xué)、醫(yī)學(xué)、食品工業(yè)、司法科學(xué)、生物技術(shù)、環(huán)境科學(xué)、微生物學(xué)、臨床診斷、流行病學(xué)、遺傳學(xué)、基因芯片、基因檢測(cè)、基因克隆、基因表達(dá)等領(lǐng)域廣泛應(yīng)用的一種儀器。PCR儀在操作中常會(huì)遇到哪些問(wèn)題呢?該如何解決呢?

1、PCR在產(chǎn)物序列中引入了錯(cuò)誤,這大多是由于聚合酶忠實(shí)性低或者循環(huán)數(shù)太多,這時(shí)需要使用帶有校正活性的熱穩(wěn)定聚合酶,同時(shí)降低循環(huán)數(shù)。此外,四種dNTP的濃度不同也會(huì)出現(xiàn)該問(wèn)題,此時(shí)應(yīng)制備新的濃度相同的dNTP混合物。

2、PCR跑膠,目的條帶很亮,但是邊沿不清楚,前后有拖尾現(xiàn)象。出現(xiàn)這樣的問(wèn)題,則需要進(jìn)行細(xì)致的分析,因?yàn)橐鹪搯?wèn)題的可能很多??上葯z查是否模板質(zhì)量問(wèn)題,如有降解等,模板應(yīng)避免反復(fù)凍融。也有可能是抽提RNA時(shí)有污染,則需要重新抽提RNA。此外,也可能是非特異性擴(kuò)增引發(fā)該問(wèn)題,可提高退火溫度,少循環(huán)次數(shù)。電泳緩沖液時(shí)間太長(zhǎng),ph值和鹽離子濃度明顯改變、電泳時(shí)電壓太高、電泳液過(guò)久沒(méi)換,電泳膠臟了等都可能引發(fā)該問(wèn)題。如果不是由上述原因引起,則進(jìn)一步檢查加樣量是否過(guò)大,制膠過(guò)程中膠孔是否制好,EB是否沖洗干凈、模板中是否混有基因組DNA或蛋白等。也需考慮是否擴(kuò)增的條件不合適。針對(duì)具體原因再采取相應(yīng)的措施。

3、PCR產(chǎn)物何時(shí)需要用凝膠純化,何時(shí)不需要?當(dāng)凝膠分析擴(kuò)增產(chǎn)物只有一條帶時(shí),則不需要使用凝膠純化。當(dāng)可見(jiàn)其他雜帶時(shí),則可能是積累了大量引物的二聚體,在克隆前需要做凝膠純化。

4、如果實(shí)驗(yàn)中沒(méi)有回收到目的片段,則需要繼續(xù)進(jìn)行對(duì)照實(shí)驗(yàn)。包括涂布未轉(zhuǎn)化的感受態(tài)細(xì)胞、轉(zhuǎn)化完整質(zhì)粒,計(jì)算菌落生長(zhǎng)數(shù),測(cè)定轉(zhuǎn)化效率、用pGEM-T或pGEM-T Easy載體,連接pGEM-T正對(duì)照,轉(zhuǎn)化高頻率感受態(tài)細(xì)胞,按照指定的實(shí)驗(yàn)步驟進(jìn)行。

5、實(shí)驗(yàn)中出現(xiàn)假陽(yáng)性擴(kuò)增該怎么辦?這是擴(kuò)增系統(tǒng)受到污染的表現(xiàn),應(yīng)通過(guò)檢查排除污染源。首先考慮是否為試劑污染,可將試劑分裝好直接置于PCR儀中擴(kuò)增進(jìn)行判斷。其次要考慮是否為實(shí)驗(yàn)室污染,可更換所用的移液器、吸咀管(離心管)等,將試驗(yàn)中的關(guān)鍵步驟轉(zhuǎn)移到一個(gè)新的環(huán)境中,判斷是否為實(shí)驗(yàn)室污染。如果是則需要對(duì)整個(gè)實(shí)驗(yàn)室及實(shí)驗(yàn)器材徹底清洗處理,保持良好的通風(fēng)、清潔等。此外,還要考慮是否為采樣污染,一般表現(xiàn)為一批結(jié)果陽(yáng)性率很高,一批結(jié)果陽(yáng)性率又下降很多,如此反復(fù)。解決方法為盡量使用一次試管及吸咀取樣。

6、實(shí)驗(yàn)中出現(xiàn)假陰性擴(kuò)增該怎么辦?首先要考慮是否為儀器故障,儀器應(yīng)正常運(yùn)轉(zhuǎn),尤其要注意加熱溫度及各管間的差異是否符合實(shí)驗(yàn)要求,是否出現(xiàn)誤差等。其次要考慮是否為試劑失效或無(wú)效引起,使用有效的試劑。

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